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Il fut imaginé, en 1661, afin de relier le Bassin d'Arcachon à Bayonne à travers les étangs landais. Cette idée suscita de nombreux projets au cours des XVIIème et XVIIIème siècles, mais tous demeurèrent sans suite. En 1838, le canal voit enfin le jour et permet le transport de marchandises. En 1860, ensablé, il fut définitivement condamné pour la navigation.
Depuis l'arrêt de la navigation sur le canal, celui-ci a évolué comme une rivière naturelle à méandres et recèle une faune particulièrement riche en poissons, loutres, oiseaux d'eau, tortues....